集めた兵士を戦闘班や開発班，諜報班など，さまざまな部署に配置すると

　敵兵士によって能力値や所持スキルはさまざまだが，基本的に高い能力やレアなスキル（前述した通訳がこれにあたる）を持っている者ほど警戒の厳しい場所にいるようだ。こうした兵士を仲間にするならそれなりの作戦や準備が必要になるだろう。
　本来ならば殺害すべきターゲットをフルトン回収して仲間にすることも可能だ。厳重に護衛されていることが多いので，殺害するよりも難しいが，仲間にしたときの能力値が高いので挑戦しがいがある。「MGSV」の自由度の高さを示す一例と言えるだろう。また，こうして仲間にした兵士で潜入ミッションに出撃することも可能だ。スネークが持っていないスキルを備えた兵士もいるので，うまく使い分ければよりスムーズにミッションを進められるだろう。